HIV感染者代谢并发症免疫预警标志物发现及临床应用技术研究，国家重大科技专项（2025ZD019055），课题负责人：张晓哲，2025-2028年

活性多肽的发掘、高通量生物合成与药物开发，国家重点研发计划（2025YFA1308900），课题参与人：张晓哲，2025-2030年

新型蛋白质发现、深度解析和相关技术研发,国家重点研发计划（2024YFC3405400），项目负责人：张丽华，2024-2027年

高通量、高灵敏度、多维度蛋白质组表征技术,国家重点研发计划（2024YFC3405400），课题参与人：梁玉，2024-2029年

多维度单细胞和空间蛋白质组分析技术，国家重点研发计划（2024YFC3405401），课题负责人：袁辉明，2024-2027年

细胞工厂蛋白质组和代谢组高通量精确定量技术研究，国家重点研发计划（2023YFA0913902），课题负责人，杨开广，2023-2028年

基于高通量分析平台的细胞工厂动态变化图谱绘制，国家重点研发计划（2023YFA0913904），课题参与人，程孟春，2023-2028年

深度覆盖蛋白组学及变异体/修饰体鉴定技术研究及应用，国家重点研发计划（2022YFC3401204），课题负责人：梁振，2022-2027年

细胞内蛋白质变体及复合物的动态表征技术，国家重点研发计划（2021YFA1302602），课题负责人：赵宝锋，2022-2027年

蛋白质组与核酸原位相互作用位点的动态表征技术，国家重点研发计划（2021YFA1302604），课题参与人：梁玉，2022-2027年

高分辨率原位结构解析技术，国家重点研发计划(2021YFA1301501),课题参与人：赵群，2021-2026年

蛋白质遗传信息质谱检测分析与毛干个体识别应用关键技术研究，国家重点研发计划（2022YFC3341003），课题参与人：刘健慧，2022-2025年

直读型蛋白质组精准从头测序技术研究，国家重点研发计划(2022YFA1304600)，课题参与人：刘健慧，2022-2027年