细胞、组织样品的大规模鉴定分析是蛋白质组分析的前提。实验室采用过滤辅助样品预处理方案(FASP)，结合高pH反相色谱分级和nanoUPLC-ESI-Q-TOF (Triple TOF 5600+)，可以在单次实验中获得超过5000种蛋白质的定性分析。

膜蛋白规模化分析

        采用课题组研发的基于离子液体的膜蛋白质样品预处理方法，大大提高了膜蛋白质组的提取和酶解效率，实现膜蛋白质的规模化分析。

翻译后修饰蛋白质组规模化分析

        蛋白质翻译后修饰是调节蛋白质生物学功能的关键步骤之一，是蛋白质动态反应和相互作用的一个重要分子基础，同时，它也是细胞信号网络调控的重要靶点。

磷酸化蛋白质规模化分析

        采用课题组研制的高选择性的Ti4+-ATP-MNPs纳米材料，可在5000 倍非磷酸化肽存在的情况下，实现对磷酸化肽的高选择性富集，对磷酸化肽的靶上检测限可达3 amol，进而实现磷酸化蛋白质的规模化分析。

糖基化蛋白质规模化分析

        采用课题组研制的 Poly(MBAAm-co-VPBA)@VPBA 纳米材料，可在1：1000 倍非糖蛋白质的干扰下，实现对糖基化蛋白质的高选择性富集，进而实现糖基化蛋白质的规模化分析。

        此外，课题组开发的糖基化蛋白质分析集成化平台，可实现对糖基化蛋白质的自动化、集成化、高通量分析，减少了离线操作引入的污染和误差，提高了分析的准确度。