蛋白质N-磷酸化修饰调控AD进程的功能及作用机制研究，国家自然科学基金面上项目（32371505），项目负责人：赵宝锋，2024-2027年

面向移植胚胎无创质量评估的细胞外囊泡蛋白质组-代谢组分析新方法，国家自然科学基金面上项目（22374146），项目负责人：袁辉明，2024-2027年

蛋白质组分析新技术，国家自然科学基金优秀青年科学基金项目（22322411），项目负责人：赵群，2024-2026年

内源性响应的化学交联剂载体研制及其在活体内蛋白质相互作用解析中的应用，国家自然科学基金面上项目（22274152），项目负责人：杨开广，2023-2026年

亚细胞器RNA结合蛋白质及结合位点规模化精准分析新方法研究，国家自然科学基金面上项目（22274150），项目负责人：梁振，2023-2026年

基于多元校正及a1碎片离子的规模化蛋白质绝对定量新方法，国家自然科学基金青年科学基金（22104138），项目负责人：刘健慧，2022-2024年

多维蛋白质组系统研究，国家自然科学中心基础科学中心项目（32088101），项目参与人：张玉奎，2021-2025年

基于亚细胞器靶向交联的蛋白质复合物时空动态解析新方法研究，国家自然科学基金面上项目（22074139），项目负责人：赵群，2021-2024年

Folr1在肝癌索拉非尼耐药中的功能及作用机制研究 ，国家自然科学基金面上项目（32071434），项目负责人：赵宝锋，2021-2024年

基于化学标记的质膜蛋白质富集新方法开发及其应用，国家自然科学基金面上项目（22074140），项目负责人：江波，2021-2024年

基于可控组装的胶体晶体毛细管柱的制备及其在蛋白质组学中的应用，国家自然科学基金面上项目（22074142），项目负责人：梁玉，2021-2024年

细胞中重要调控蛋白质的发现和原位相互作用的分析新方法，国家自然科学基金重大项目（21993108013），项目负责人：张玉奎，2020-2024年

细胞中原子分辨的功能分子构象变化、相互作用和微环境效应的测定方法，国家自然科学基金重大项目（21991082），项目参与人：梁振，2020-2024年

基于液质联用的单细胞分泌蛋白质组定量分析新方法，国家自然科学基金面上项目（21974136），项目负责人：袁辉明，2020-2023年

离子液体在质膜蛋白质规模化分离与分析中的作用机制，国家自然科学基金重点基金（21834006），项目负责人：张丽华，2019-2023年